13. Nástup Habsburků
Nástup Habsburků na český trůn 1526
České stavy po této události zvolily roku 1526 za nového panovníka rakouského arciknížete Ferdinanda I., manžela Anny Jagellovny, člena habsburské dynastie.
Důvodem byla i obava z turecké invaze do střední Evropy. Ferdinand I. časem získal i uherskou korunu. Habsburkové tak dovršili svůj mocenský nástup, neboť jeho bratr Karel V. byl králem (od roku 1530 císařem) Svaté říše římské národa německého a současně králem španělským. Ferdinand I. byl obratný politik, usilující o posílení centrální moci a oslabení vlivu stavů. Opíral se o výkonnou byrokracii a podporoval katolickou církev proti kališnické církvi a proti novým reformačním církvím (luteráni, později kalvinisté), k nimž svým způsobem patřila i jednota bratrská vzniklá, v Čechách na základě myšlenek Petra Chelčického kolem roku 1460. Ferdinand do českých zemí pozval roku 1556 řád jezuitů, předvoj bojovného katolicismu. Centralistické kroky Ferdinanda I. a jeho nástupců se střetly se snahami českých, moravských a slezských stavů uchovat si rozhodující politický vliv. Tento svár se projevoval jak v rovině politické, roku 1547 potlačil Ferdinand první protihabsburský odboj české šlechty a měšťanstva, tak i v rovině náboženské, stavy se snažily získat od Habsburků potvrzení konfesních svobod. Rakouští Habsburkové s ohledem na bohaté katolické příbuzné ve Španělsku váhali, nicméně roku 1575 Maxmilián II. vyslovil ústní souhlas s textem tzv. České konfese. Období vlády Rudolfa II. 1576 - 1611
Jejího písemného schválení dosáhly stavy až v roce 1609 majestátem císaře a krále Rudolfa II.
Katolicky zbožný a podivínský panovník tak v rozporu se svým přesvědčením legalizoval v Českém království rozsáhlou náboženskou svobodu, která neměla v tehdejší Evropě obdobu. Rudolf II. vstoupil do dějin též jako sběratel uměleckých předmětů, mecenáš výtvarníků, spisovatelů a vědců. V Praze za jeho vlády působili astronomové Tycho de Brahe a Johannes Kepler, nezřídka však i podvodníci, snažící se využít jeho štědrosti. Za vlády Rudolfa II., posledního Habsburka sídlícího v Praze, v Čechách plně zdomácněla renesance a humanismus, šířící se do střední Evropy z italských oblastí, znamenající pod vlivem nových všeobecných poznatků a objevných plaveb nový ideál vzdělávání - namísto poznávání boha, rozvoj přírodních věd a poznávání člověka.
